O atual Instituto de Higiene e Medicina Tropical foi criado a 24 de abril de 1902, por carta de lei do Rei D. Carlos I, como Escola de Medicina Tropical. Até então, e desde 1887, o ensino da medicina tropical era realizado na Escola Naval, destinando-se sobretudo aos médicos do Ministério da Marinha e Ultramar. O objetivo da nova escola era o do ensino e da melhoria do conhecimento científico dos problemas de saúde ligados aos meios tropical e intertropical, especialmente no Ultramar Português.