O quartel de Marinheiros em Alcântara não foi construído por acaso. A sua história prende-se muito com o facto de Lisboa ter, desde sempre, uma alma Marinheira. Na verdade tudo começa quando a família Real parte para o Brasil em 29 de Novembro 1807. Escoltando a Família Real segue a Brigada Real de Marinha. Aquando do regresso de D. João VI a Portugal em 1821, a maior parte da Brigada fica no Brasil e dela nascem os Fuzileiros Navais daquele país. No entanto, parte dela regressa com o Rei. Tinham-se passado 13 anos desde a sua partida e Portugal nesse período, tinha passado por uma das maiores crises económicas da sua história. Os aquartelamentos que em Lisboa vão ser destinados à Brigada não têm condições mínimas para a albergar. Primeiramente
são-lhe atribuídas instalações na Boa Vista, em seguida vão para Xabregas, a que se segue Vale de Pereiro (perto do Largo do Rato) e por último umas antigas instalações, quase em ruínas, em Alcântara, as quais tinham albergado um Regimento de Cavalaria. Este quartel era, numa descrição da época, constituído por “casas impróprias, acanhadas e insalubres com cavalariças baixas, húmidas e pouco ventiladas nas quais se haviam feito à pressa tarimbas provisórias e outros arranjos para poderem receber as praças de Marinha”.
Nenhum destes quartéis reunia, como se disse, a dignidade mínima para albergar a Brigada tão querida da população de Lisboa. Já reinava em Portugal a Rainha D. Maria II quando a situação se tornou insustentável. Havia que dar quartel condigno aos Marinheiros. A população de Lisboa exigia-o. O governo convocou, com a anuência da Rainha, o Arquitecto José da Costa Sequeira e incumbiu-o de desenhar e construir um Quartel que se destinasse às “equipagens permanentes dos nossos navios e para os Veteranos da Armada”.