Primeiro convento franciscano fundado em Portugal, por D. Sancha, filha de D. Sancho I, no sítio onde existia o seu paço, em 1222, sendo seu superior o Frade Zacarias.
D. Beatriz de Gusmão, mulher de D. Afonso III, mandou construir-lhe nova igreja, concluída em 1355, talvez porque a primitiva fosse demasiado pequena, à qual se acede por um pórtico ogival encimado pelas armas de D. Dinis. No reinado de D. Manuel renovou-se o claustro e lavrou-se o pórtico da casa do capítulo (este está classificado como Monumento Nacional desde 1910).
No ângulo noroeste do claustro existe um relógio de sol vertical, de mármore fino de Génova, oferecido a esta casa pelo cronista alenquerense Damião de Góis, no ano de 1557. Esta foi a peça com data mais antiga que encontrámos em Portugal.